在《三國演義》裡。羅貫中為了凸起曹操多疑的脾氣，將這件為關羽療毒的功績平白給了華佗，然後在厥後華佗為曹操治頭痛病的時候，提出要為曹操做開顱手術，曹操是以狐疑大起，又聯絡起華佗為關羽療毒之事，便思疑他要暗害本身，遂將其下獄治死。
以是在華佗身後，曹操頭風病固然還是不時發作，但亦終不悔，並道：“佗能愈此。小人養吾病，欲以自重，然吾不殺此子，亦終當不為我斷此根原耳。”此話一針見血，道出了華佗的心機和華佗被殺的啟事。可歎華佗一代神醫，醫術當然一流，隻是卻欲與一代雄傑的曹操玩弄權謀，未免過於小瞧了曹操。
作為一個大夫，把為病人治病當作一個走上宦途的手腕而用心遲延並以此為威脅，華佗此舉實在是有損醫德，是可稱為無良大夫，曹操對他看不起，當是在道理當中。
曹操獨一的一次悔怨殺華佗，是在他的愛子倉舒病重的時候，當時他曾說：“吾悔殺華佗，令此兒強死也”，對此子的珍惜之心可見一斑，難怪厥後曹丕說如果倉舒在，他這個王子能不能當得上恐怕就很成題目了。
華佗的醫術，向來就是膾炙人丁，他在東漢時便已經能夠施用翻開腹腔的外科手術，而後又利用針線縫合，和當代醫術如出一轍，書曰：“病若在腸中，便斷腸湔洗，縫腹膏摩，四五日差，不痛，人亦不自寤，一月之間，即平複矣。……又有人病腹中半切痛，十餘日中，鬢眉出錯。佗曰：”是脾半腐，可刳腹養治也。‘使飲藥令臥，破腹就視，脾果半腐壞。以刀斷之，颳去惡肉，以膏傅瘡，飲之以藥，百日平複。“華佗在一千八百年前便能夠停止脾臟摘除手術，足可見其醫術之高超。
隻是可惜的是，華佗在試圖走上宦途的過程中不但犯了一個大錯，並且還透露了他品德上的缺點，併爲此支出了生命的代價。
在華佗下獄後，曹操部下的頭號謀臣荀彧為華佗討情，說：“佗術實工，性命所縣，宜含宥之。”而曹操不從，並說：“不憂，天下當無此鼠輩耶？”到了這個時候，曹操對華佗的鄙薄之意已然溢於言表。
汗青上華佗死的啟事是在於他想仕進從政，華佗本身出身是士人，上麵已經說了，他“遊學徐土，兼通數經”，而後以醫術高深而名聞天下。但是，在漢朝，套用句老話，還是“萬般皆下品，唯有讀書高”的。大夫，在史乘上歸入《方技傳》，絕無能夠單列一傳，從這個上麵也可窺知一二。