嘉慶宮火：此事亦與乾隆有關。乾隆酷好保藏宋版圖書，在位時廣收宋元抄校善本，總計四百餘種，置於昭仁殿，名之為“天祿琳琅”。嘉慶二年乾清宮失火，昭仁殿同時被焚，天祿琳琅所存冊本付之一炬，蕩然無存。時朝廷為安撫太上皇，又彙集了一批冊本，數量多於前天祿琳琅，實在則主如果明清刻本，而非宋元善本。1924年馮玉祥構造盤點清宮文物，才發明天祿琳琅藏書早已全非宋本。
安史之亂：《舊唐書·經籍誌序》：“自後毋煚又略為四十卷，名為《古今書錄》，大凡五萬一千八百五十二卷。祿山之亂，兩都淹冇，乾元舊籍，亡散殆儘。”
最令人憐惜的是東方圖書館的全數藏書46萬冊，包含善本古籍3700多種，共35000多冊；中國最為齊備的各處所誌2600多種，共25000冊，悉數燒燬，當時號稱東亞第一的圖書館一夜之間俄然消逝，代價連城的善本孤本圖書今後絕跡人寰，這不能不說是中國文明史上的一大災害。
靖康之難：《宋史·藝文誌》：“迨夫靖康之難，而宣和、館閣之儲，蕩然靡遺。”值得一提的是，這一些災厄所喪失的，不但有大量圖書，另有宋王室保藏的儀仗、冠服、禮器、儀器、珍寶諸多物品。
惠懷之亂：梁阮孝緒《七錄序》：“晉領秘書監荀勖因魏《中經》更著《新簿》，雖分為十不足卷，而總以四部彆之。惠懷之亂，其書略儘。江左草創，十不一存。”《隋書·經籍誌》稱這批冊本“大凡四部合二萬九千九百四十五卷”，而“惠懷之亂，京華蕩覆，渠閣文籍，靡有孑遺。”
承平天國叛逆：承平天國活動帶有宗教戰役的性子，其間揚州文彙閣、鎮江文宗閣《四庫全書》皆被焚燬，片紙不留。杭州文瀾閣被推倒，《四庫全書》流入官方，幸有藏書仆人申、丁丙兄弟搶救，未遭全毀。張秀民《中國印刷史》：“承平天國叛逆，南邊烽火比年，揚州文彙閣及鎮江金山文宗閣《四庫全書》全毀，杭州文瀾閣《四庫全書》亦不全，其他官方藏書喪失尤巨，普通士子貧乏讀本。”
這期間除了燒燬圖書，另有一種破壞文獻的體例，叫“抽毀”。所謂“抽毀”，便是纂修《四庫全書》時，某些冊本因部分章節或筆墨分歧當時政治氛圍，因而編修過程中會將這些冊本的相乾部分拿掉。先人查閱這些冊本時，就會發明這些冊本中某幾頁是空缺，卻冇有任何說明。若空缺在篇末卷末，或是抽掉最後一兩卷，那麼不對比其他的本子，就很難曉得原書另有這幾卷。如果無他本可校，那麼被抽掉的部分就非常輕易被忽視了。這類破壞文獻的體例非常埋冇，偶然比燒燬的風險還要大，因為燒燬是抹去文獻所承載的全數資訊，而抽毀則是有必然程度上歪取資訊。