與漁船註冊的熱火朝天比擬，商船註冊卻遭受冷場。市舶司設立五天了，竟然一艘註冊的商船都冇有！
不過，彆看辦公地點粗陋，市舶所的權力卻不小。此前雖有三大市舶司，但朝廷對每個市舶司的運作並未做同一規定，各市舶司都是各行其是。這就給了南安市舶所充足的空間，朱由檢把這裡做為試點，推出了與其他市舶司並不不異的政策。
至於商船，則按照船隻的載貨量分為兩檔。二百料以上的船隻，每船收取稅銀一百五十兩，或所載貨色三十取一，從其較少者為征。二百料以下船隻，每船收取稅銀一百兩，或所載貨色四十取一，從其較少者為征。非論出口入口，稅率標準同一。
這個政策對蛋民但是太有吸引力了，誰情願過居無定所的餬口呢？疇昔蛋民見了官府的人，第一反應便是逃竄；此次卻反了過來，南安縣幾近統統蛋民都來登記，兩三天的時候就註冊了一百多艘漁船。
實在對熊汝霖來講，此舉是一舉兩得。既把為數很多的蛋民歸入了市舶所的辦理，也相稱於不費一兵一卒就駐守了海上星羅棋佈的小島。要曉得這些無人海島，本來是私運船和海盜的天然立足之所。現在蛋民既然以這些小島為家了，自會儘力運營。私運船和海盜再去騷擾，這些蛋民也不會同意。
不但是這類說話上的欺侮，蛋民冇有地盤，冇有房屋，不準讀書識字，不得與陸上百姓通婚，隻能以船為家，並且遭到極重的剝削。
市舶所的根基法則很簡樸：凡是南安縣境內百姓，欲出海打漁或是貿易者，必須以船隻為單位，在市舶所註冊登記。隻要註冊過、有市舶所頒佈牌照的船隻，才答應出海，不然一概不準出海，抓到了就以私運論處，船即充公，人即收監科罪。至於南安縣境外的船隻，也能夠在市舶所註冊登記，隻要來了南安縣，與南安本縣的船隻報酬不異。
市舶所開端辦公今後，南安縣的漁船註冊，倒還比較順利。因為市舶所不是隻向漁民收錢，還供應一係列辦事。彆的不說，單是日夜巡查防備海盜這一條，每月一兩銀子就很值了。熊汝霖還承諾，將儘快在晉江南安外海的狐狸尾島上修建一座燈塔，為來往船隻指引方向。有了燈塔，飛行就安然多了。
獲得朝廷的批準今後，南安市舶所當即開端運作了。辦公地點很粗陋，就是在南安最大的河道晉江入海口處搭了個簡易棚子，因為很多商船都是從晉江中動身。