卡卡西小組收到任務，庇護造橋專家達茲納回到波之國。但在任務途中，他們遭到霧忍者村的叛忍桃地再不斬的進犯，這也成為了他們的第一次實戰。世人在戰役中各自都有所生長，也體味到了忍者天下的殘暴性。
卡卡西因為勞累過分而住院，暗部的大和代替卡卡西帶領卡卡西小組，新的成員佐井也插手了步隊。他們操縱從蠍那邊獲得的諜報，前去六合橋探聽有關佐助的動靜。但佐井實際上倒是奉下屬團藏的號令履行暗害佐助的極秘任務，本籌算履行任務的他在看到鳴人與佐助的拘束以後竄改了設法。鳴人等人終究在大蛇丸的按照地與佐助相逢，但佐助仍然不籌算轉意轉意，還是挑選和大蛇丸一起分開。而佐井則因為這一任務的契機成為了鳴人他們的火伴。
佐助因為鳴人氣力的飛速生長而感到焦炙，這時大蛇丸的使者音忍四人眾前來講服他分開木葉前去音忍者村。佐助為了獲得更強大的力量以向鼬複仇，而分開了村莊去找大蛇丸。鳴人、鹿丸等人結成五人小隊前去追逐佐助，途中彆離與音忍四人眾以及隨後趕到的君麻呂展開戰役，期間獲得了砂忍者村救兵的助力，好不輕易纔將仇敵一一擊敗。鳴人追上了佐助，但佐助不籌算回到村莊，兩人使出渾身解數展開苦戰，最後鳴人還是功虧一簣，敗在佐助部下而冇能挽留佐助。以後鳴人回到村莊，籌算和自來也一同外出修行，以使本身變得更強。
鳴人他們完成任務回到村莊，卡卡西保舉他們插手即將停止的中忍測驗。測驗會場中強手雲集，而在測驗過程中，鳴人他們遭到原屬木葉忍者村、已經叛離村莊的大蛇丸的進犯，佐助也被大蛇丸在身上留下了咒印。以後，鳴人和佐助順利通過預選賽，併爲即將到來的正式測驗作籌辦。鳴人獲得木葉三忍之一的自來也傳授忍術，而佐助則是遭到卡卡西的專門指導。但與此同時，大蛇丸正在公開裡醞釀著詭計，那就是結合砂忍者村一同攻擊木葉。
大蛇丸找到綱手，但願她能醫治本身的雙手，並提出能夠讓她再次見到她最正視的兩人的前提。綱手為此躊躇不決，這時鳴人和自來也找到了她。綱手對繼任火影一事心灰意冷，但她看到鳴報酬了成為火影的胡想而刻苦修行的模樣，也逐步竄改了設法。以後綱手回絕了大蛇丸的要求，昔日的三忍展開狠惡的戰役，鳴人也終究練成了自來也所傳授的螺旋丸，打敗了大蛇丸的侍從兜。最後大蛇丸被逼退，綱手跟從自來也和鳴人回到木葉，成為第五代火影。