官府對這類事件的態度是寬大的，上述董其昌案最後一向震驚朝廷，但措置成果，也不過是將參與焚搶的動亂者加以處斬，幾名生員遭到杖革罷了，從中心到處所，都不太但願獲咎士子，隻求大事化小小事化了。士子的清議，成為一種製約皇權的言論權勢，時人總結“吳下士子，好持公論，見官府有貪殘犯警者，即集眾倡言，為孚號揚庭之舉，上合亦常常采取其言”。
萬曆四十四年，鬆江府華亭縣門生範昶被時已退居在家的湖廣提學副使董其昌逼死，鬆江府府學、華亭縣學、上海縣學、青浦縣學、金山衛學五學同袍齊發討伐檄，討伐董其昌“鄙視諸生，複無狀於黌舍”，引發社會遍及共鳴。隨後接連數日，各處飛章投揭，充滿街衢，兒童婦女競傳“若要柴米強，先殺董其昌”的歌謠。
福州一部受福建巡撫南居益節製，登萊一部受東江總兵戚金節製，昭告天下。這是天啟三年第一件大事，代表著大明朝廷在法理上，承認了東海海盜的合法化，還是以聖諭的體例承認了。這是一件大事，代表著大明海禁軌製的完整崩潰，海盜，海商鼓起成為必定，妥妥的兵匪一家。
此時一道聖旨招安，就算李旦不肯鬆口，麾下部下也多數是情願的。有了登萊，東江鎮，福建幾處母港，禍害大明本地長達百年的倭寇，搖身一變可就成了大明海軍了，並且會向天下亮出明人海上探險家的獠牙。當務之急是福建，紅毛艦隊集結大兵壓境，福建實在冇有頑抗之力。
那次群體事件過後被稱為“哭廟案”。啟事是有人告發姑蘇府吳縣縣令任惟初為了完成下級下達的征稅任務，不恤民情，將不定時交稅的公眾拉到縣衙打板子，乃至打死了一小我。動靜傳出後，又有人證明，任惟初本身盜賣官米，中飽私囊。因而，民情洶洶，士子氣憤，紛繁表示：“自明太祖立法至我朝定鼎以來，未有如惟初之典守自盜者也。”
當時正值順治駕崩，按詔府衙應設靈舉哀思哭三日。仲春初四這天，一百多名本地生員學子紛繁來到文廟，以哭先帝為由堆積，旋即來到府堂，鳴鐘伐鼓，跪進揭帖，要求擯除任縣令。伴同而至者達千餘人。可見這些江南讀書人讀書讀到，將腦筋都讀壞了，將豺狼猛獸當作慈悲為懷的大徒弟了。
大明海軍自神宗末年便已荒廢，海軍經費被一再調用，究查起來又是一筆胡塗帳。揭過此事便輪到馬政，兵部要重新歸附的蒙古炒花一部，征調馬隊兩千，戰馬五千匹，此事便要落到馬城頭上，馬城欣然修書一封給宰賽部，抽調兵馬當不在話下，宰賽現在已經接管了大明的冊封，甘心給大明養馬了。這兩千蒙古馬隊天然不會交給孫承宗，是要駐紮在薊鎮拱衛京師，共同新軍作戰的，五千匹戰馬，則用於加強神樞營，三千營馬隊。