而後十數年，明廷在遼東慢慢推行府縣製代替衛所製，前後設置遼陽、瀋陽、廣寧、鐵嶺、撫順、通化、建州、黃龍、敦化、福山等府縣。
州縣製的根本是大量的人丁，為此，明廷任命左光鬥賣力屯田事件，鼓勵軍民屯墾，將南邊良種水稻引入北方，招募南邊農夫到北方傳授水稻蒔植技術，大大促進了關外農業生長。山西、陝西、山東等地的農夫前後遷往東北，進步了人丁比例，動員了本地部族竄改出產體例，由傳統的漁獵轉向農耕，保護了社會穩定。
篡奪遼河河套後，於遼東設立遼寧承宣佈政使司，佈政使司衙門駐瀋陽府；
他的要求直接遭到兩派的明白反對，重臣何和禮、扈爾漢、揚古利等搶先擁立莽古爾泰，支撐黃台吉的大臣一度打算策動政變，但被黃台吉製止，後者終究決定率部出走，建州內部一時候士氣降落、民氣惶惑。
遵循商定，舒爾哈齊向海西女真、野人女真償還大片領地。同年七月，明廷為努爾哈赤製定僭越稱製（此前努爾哈赤曾自稱“女直國建州衛管束夷人之主”、再稱“建州等到處所國王”、再到喀爾喀諸部上尊號“昆都倫汗”，尊稱“神武天子”）、搏鬥漢民、私行開礦等八大罪，將其與次子代善、一眾隨行職員一併斬首於順天。
不久後，舒爾哈齊再次建議打擊，扈爾漢戰死，莽古爾泰率殘部嚮明廷要求內附，但此時李成梁已被袁可立替代，後者出於進一步形成女真內鬨的目標，回絕采取。
萬曆三十八年（1610年）三月，舒爾哈齊重兵圍殲毛憐衛，褚英奮力抵當但終究被殺，建州抵擋權勢僅剩黃台吉。
舒爾哈齊雖有幾次小勝，但因內鬨虎將喪失殆儘，終究寡不敵眾，先敗於薩爾滸，再敗於赫圖阿拉，流亡途中被聯軍追上並斬殺。聯軍將其麾下諸城付之一炬，其地劃歸撫順統領。
莽古爾泰走投無路，於萬曆三十七年（1609年）被舒爾哈齊俘獲後押送回赫圖阿拉斬首，揚古利等投奔黃台吉，後者倒也不計前嫌予以采取。
於海西、野人女真，內喀爾喀五部設開元承宣佈政使司（源自元遼陽行省開元路），佈政使司衙門駐黃龍府；
但萬曆天子卻對褚英法外開恩，不但赦免其罪，還封其為建州左衛批示使（努爾哈赤舊職）、都督僉事，令其回建州清算部眾為朝廷所用。如許做，一方麵是因為褚英非常虔誠，對努爾哈赤早前多有勸諫，父子也是以乾係不睦；另一方麵，當然是持續教唆建州內鬨。