日軍由毛利秀元、加藤清正、黑田長政各領一軍共四萬人，太田一吉、竹中厚利為監軍，北上攻取公州；長宗我部元親、鍋島直茂、吉川廣家、池田秀氏、中川秀成劃歸左路，賣力清除忠清道及全羅道北部。
白士霖也一向猜疑於此，但俄然間卻有所覺悟，對趙宗道答道：“邇來有動靜申明軍自海上來援，我本覺得這不過是流言罷了，但現在看來卻能夠是真有其事，恐怕倭寇已分出一部前去阻擊明軍。
副將勸道：“將軍還請三思，未得軍令私行撤出所守城池將被視為臨陣脫逃，是會軍法處置的，如此豈不冤枉？不如還是先向都元帥請令以後，再撤出全州為上策。”
這一次日軍捲土重來，同壬辰年一樣停頓敏捷，勢如破竹，並且比壬辰年表示得更加殘暴。日軍遵循豐臣秀吉及前田利家之令，每到一處必搏鬥鄉民、割鼻代首作為打擊朝鮮義兵的兵源根本，而工匠、儒生等則儘數收押，分批次押運返國。
黑田如水深知加藤清正脾氣，也曉得他在豐臣秀吉麵前的職位頗不普通，是以耐著性子解釋道：“加藤，明軍纔是我們的大敵,在與明軍決鬥之前該當儘量減少偶然義的傷亡，這黃石山城並不值得我們支出太大的代價，不過三日罷了，有甚麼不能等的？
南原、全州及全羅道、忠清道內各城的接連失守，使得朝鮮官軍的防備擺設幾近完整宣佈失利。特彆是金鐘一不戰而撤出全州，即是將全羅道全數拱手讓於日軍，使得忠清道內各地紛繁獻降，連遲滯日軍守勢都未能做到，這給朝鮮朝廷帶去的震驚不亞於地動。
金鐘一道：“朝廷總兵力說是十餘萬，實在勉強能看的也不過數萬，還都分守各處，如何能擋二十萬賊兵？本來希冀能對峙到明軍來援，誰知三年疇昔，我軍麵對賊兵還是不堪一擊，如此則意味著分兵救濟無異於自尋死路。
郭雄卻心急如焚，急不成耐：“這倭寇心狠手辣，全無憐憫之心，不思向我們打擊，卻隻在陣中搏鬥百姓為樂，這是企圖威懾我們！城中很多軍民已是以深受煎熬……話說這明軍到底甚麼時候纔會達到？動靜傳出來也有兩日了，他們如何這麼慢？”
出瞭如此大事，申時行和王錫爵都是心如死灰，兩位閣老一日三上辭疏，數日以內兩人加起來上了二十一道辭疏，終究同時獲得硃批：“經年輔臣，治家不嚴，家聲廢弛，朕憾惜甚痛，皆準所請，著傳馳遣歸。”