同治元年言官紛繁彈劾，恭親王與租界談判，正式拘繫下獄，擬斬監候。秋審處總辦、直隸司郎中餘光倬，將其由封疆大吏失守城池應處之“斬監候”加上罪名“擊殺執香跪留父老十九人，忍心害理，罪當減輕”而改擬“斬立決”。刑部尚書趙光，因與幫辦江南軍務的許乃釗有友情，體味桂清淪陷蘇常殃民細節，覆奏：“不殺何桂清，何故謝江南百萬戰難生靈？”慈禧太後降旨命大學士六部九卿翰詹科道集會。大理寺卿李棠階以為桂清為兩江總督，驕橫胡塗，治軍無方，剝削軍餉導致將士叛變、全軍淹冇，棄城而逃又嫁禍彆人，其罪不容誅。集會成果如刑部議，而太後另有旨：“何桂清曾任一品大員，用刑宜慎，如有疑義，無妨各陳所見。”有17人上疏論救，體仁閣大學士、禮部尚書祁寯藻，援引嘉慶帝諭旨：“刑部議獄，不得有減輕字樣。”以為刑部所擬分歧製。另有工部尚書萬青藜、禦史高延祜，而薛煥以重金疏浚，故遲延暮秋仍未決。 禮部給事中卞寶第（浙江道禦史任內就曾參劾桂清）抗章駁祁寯藻：“仁宗上諭，隻就承平期間平常罪名而言。”又言：“道光年間浙江提督餘步雲失定海，鹹豐年間湖北巡撫青麟失武昌，皆以淪陷封疆伏法，當時祁寯藻當軍機大臣，何獨於何桂清護惜若此？”
最後慈禧太後下定決計，務需求殺雞儆猴，下旨：“刑賞大政，不成為謬悠之議所撓，今欲平賊，而先庇逃帥，何故作複興將士之氣？以才敏負一時之望，膺江表重寄。桂清無料敵之明，又見效死之節。身名俱隕，罪實難辭。何桂清立斬不赦，以慰江南各地軍民之心。”
鹹豐十年蒲月，李秀成帶領的承平軍攻破江南大營，又乘勝進圍何桂清坐鎮的常州。佈政使薛煥、總理糧台查文經等人建議何桂清棄常州城而走，儲存氣力退駐姑蘇籌餉，以圖再戰。何桂清采取了他們的定見，棄城前去上海。朝廷因何桂清棄城而走，將其撤職，由曾國藩繼任兩江總督。
如何懲辦何桂清，清廷最高統治者天子以及恭親王奕訢，三朝元老、大學士、吏部尚書祁寯藻等重臣，都以“一品大員，用刑宜慎”為由，主張免何桂清一死。特彆是主持審理此事的祁寯藻，對峙以為何桂清罪不至死。他乃至針對主張殺何桂清的一派人說：“國人皆曰可殺，臣亦國人，未敢謂其可殺。”但何桂清的政敵、此時因對承平天軍作戰連連到手而越來越走紅的曾國藩，卻對峙主張殺何桂清以謝國人。他說：“疆吏以城守為大節，不宜以僚屬一言為進止；大臣以心跡科罪行，不必以公稟之有有為衡量。”