第二，就算這些官軍確切有罪，但現在兵變未平，朱常洵等正犯全數在逃，河南主疆場上另有大量的叛軍，此中相稱一部分都是本來的衛所官軍。如果對汝州衛士卒大開殺戒，則會建立一個極其卑劣的樹模，其他衛所士卒必不肯再歸順朝廷。
因為與諸將早有“約法三章”，朱由檢隻賞田不賜爵的做法並未引發甚麼波瀾。遐想到天子即位以來獨一冊封的武將竟是祖大壽，眾將內心也都清楚，如果天子真要給誰爵位，說不定此人也就快不利了。當然另一方麵，大多數將士均獲犒賞，軍功越多者收成越豐，自是大家歡樂。
第二，讓西安知府楊嗣昌上疏朝廷，正式提出“四正六隅，十麵張網”的剿除流賊軍事計謀。並且不等廷臣做出反應，直接下詔必定了楊嗣昌的計謀構思，並指呈現在叛軍與流賊合流，理應一體對待。
起首，他下旨拔除河南都司及部屬全數衛所建製。這倒是應有之義，因為現在叛軍還在打著河南都司及各衛所的燈號與官軍對抗，廢掉他們的建製，叛軍也就不再名正言順，完整成為叛軍。
自從洪承疇襄陽兵變、朱常洵洛陽僭位今後，河南幾近全省皆叛。位於開封的河南都司都批示使、河南總兵許定國率先呼應兵變，下轄各衛所除黃河以北的彰德衛以外，也紛繁插手叛軍。
為了減少來自官員個人的阻力，朱由檢還特地言明，這個行動是“權宜之法”，待兵變和流賊完整安定以後，則應規複古時的衛所建製。
對於這些俘虜，朝中大臣果斷主張殺掉。來由也很充分，這些人枉為官軍，竟然附逆兵變、抵當天子禦駕親征，說句不好聽的話，這就是老百姓說的“吃完肉砸鍋”，實乃罪不容誅。內閣已經做出票擬，除了左良玉部下那一小部分兵力外，以謀逆罪判處汝州衛統統將官士卒極刑，隻等朱由檢硃批。
第三，順勢下旨組建新軍。因為要實現楊嗣昌的計謀構思，關頭就是要由一兩名重臣督師，組建一支強大的軍隊追著流賊打，這就與各司一方防務、互不統屬的衛所軌製產生了牴觸。這時候朱由檢突破衛所軌製，組建一支全新的軍隊，就顯得比較天然。
有賞必有罰。獲賞的將士主如果以秦兵為骨乾的京師三大營、盧象升的天雄軍，以及一部分遼東邊軍。而即將受罰的，天然是憑藉朱常洵兵變的河南省各衛所官軍了。
這四條來由當然也很冠冕堂皇，實在與內閣票擬是各無益弊。但是天子一言九鼎，廷臣又遠在京師，趁著奏摺幾次來往的時候，朱由檢早把想做的事做了。