西疆之事，白蓮教等教入新疆佈道，竄改新疆伊斯蘭教一家獨大的局麵，諸教爭鳴，再加上科舉教誨取人之功，將諸部和朝廷的聯絡抓緊了，阿古柏陣容日趨頹廢，終究同治八年十月，攻破喀什，宣佈阿古柏之亂安定，阿古柏單身逃往布魯特部，被浩罕國主擒住，親身獻到喀什的左宗棠大營，左宗棠大聲嗬叱浩罕國主，命其押送阿古柏入京朝見，並上書朝廷，要求與俄羅斯議定西北邊疆，吏部趁機在新疆設立佈政使司二，府十二，縣九十六，不以收稅為責，、隻以教養之功為主。兵部設提督2、總兵4、將軍九。隻是英俄兩國不甘失利，又在公開裡策劃甚麼。
李鴻章感激涕零，本年不過是四十五歲的年紀，就已經擔負了總督一職，總督的級彆還在尚書之上，乃是從一品的大臣，如果將來入京，也隻能是入直軍機才氣婚配的上，離京朝見的時候，太後密旨讓李鴻章籌辦籌辦南洋海軍事件，李鴻章應諾。
蒲月，命文華殿大學士胡林翼入直軍機，“參讚政務”。張之洞出任漢陽知府，籌辦漢陽鐵廠。
四月，安徽巡撫江忠源調入京中擔負兵部尚書。
浩罕國主又趕緊站起來，右手撫胸施禮稱是，說了一簍子的恭維話，天子也隻是笑吟吟的聽了，擺擺手，請浩罕國主坐下，“開宴吧。”
“那倒不會，親身獻了阿古柏進京，多少不能脫手，這禮數在著呢，隻是免不了要敲打一番了。”說到這裡，鴻臚寺卿惠征到了，幾個管事寺人和外務府官員上前驅逐，惠征固然官位不顯，但是母後皇太後的父親，當今聖上的外祖父，乃是正牌子的國丈，他夙來性子也暖和，以是世人都情願尊敬他，惠征到了閣內，看了看安插，又問了幾下，點點頭，“時候差未幾了，我們出去等著吧。”
外蒙古設庫倫、烏裡雅蘇台、烏梁海三宣慰使以及屬官，由中心調派流官，並設置司法官，多用滿蒙漢八旗之官，不乾與蒙古諸部內政，藉著安定阿古柏之威，諸部不敢妄為，理藩院製定《表裡藩條例》，就內藩、外藩的權力任務停止了規定，內藩限定束縛甚多，不如不得自建一國，隻可稱汗，不得稱國主等，可優惠條目也多，官道、買賣等都是諸部需求的，因而，新疆青海蒙古諸部漸次安寧，自此西北無礙，左宗棠得此邊防軍功，堪比安定洪楊之亂，禮部商定，封一等公，封號“肅勇”，遞等襲爵三代，這爵位已經在曾國藩之上了，可謂漢人大臣第一。隻是新疆雖平，可到底還是不甚大治，仍命其擔負新疆總督一職在，隻命十二鎮雄師凱歌還朝。