承平天國活動鼓起後，南京四周地區成為承平軍和清軍交兵的主疆場。遭到烽火影響，大運河運輸間斷。清朝當局是以可過了一段苦日子。為了避開烽火，清朝不得不改由經海上運輸糧食。承平天國活動結束今後，部分官員曾經籌算重開河運，無法大運河河道淤塞嚴峻，已經冇法通航。
元朝的統治者們太倚仗大運河的輸血服從了，但是他們千萬冇想到的是，運河竟然成了本身的命門。元末，黃河眾多成災，大水退去以後，厚厚的淤泥形成了大運河堵塞。這就如同動脈呈現了血栓，朝廷慌了手腳，征調大量民工疏浚河道，冇想到勞工們卻掀起了叛逆的風暴。江淮地區墮入戰亂，呈現了各支農夫叛逆兵和元朝軍閥盤據的局麵，運送糧食的運河被堵截。元王朝冇了糧食，再也冇有力量去彈壓農夫叛逆，最後終究毀滅了。
在一次次的打擊下，大部分大運河的運糧服從完整癱瘓了。固然清朝曾經改用海運和鐵路來代替，但是大傷元氣的清王朝已經病入膏肓，再也逃不過滅亡的運氣。
在一片混亂的大流亡中，宋高宗趙構在臨安（當今的杭州）建立了南宋。為甚麼把都城建在杭州？因為杭州是運河的另一個集散中間。因而北宋時通過運河向北運往開封的江淮米糧，現在調轉方向，都運到了大運河的最南端杭州。運河仍然是隻剩下半壁江山的趙宋王朝的經濟根本，源源不竭即將各地上供的財產運往臨安。
楊廣乾的，絕對是一件超乎期間的巨大工程。因為超乎期間，使隋如同一支火把，倉促將本身燃儘。因為巨大，使隋如同一支火把，為後代留下光亮。即便仍然被曲解，但是楊廣初創的南北大運河是功在當代利在千秋的豐功偉業這是不成回嘴的汗青究竟，是後代造史者想誹謗所袒護不住的。因為它的存在就是鐵證，不像彆的原始史料被燒燬。
明天的中國早已被縱橫交叉的鐵路、公路和空中航路所編織的巨網包裹，而大運河也因為淤塞嚴峻，隻要一小部分還能通航，不複當年之風采。但是汗青仍然記得，這條運河曾經在上千年的時候裡，把握著中國曆代王朝的生息脈搏，用千裡波瀾見證了一個又一個帝國的興衰成敗。
但是大運河一樣也成為這兩個王朝關鍵。明朝末年的農夫叛逆兵魁都城深知運河對明朝政權的首要性，以是都非常正視對運河運輸的打擊，頻頻導致官員垂危，明廷震驚。運河不暢加快了明朝的滅亡。